Die Geschichte der Raiffeisenbank Wesermarsch-Süd eG ist geprägt durch einige Fusionen und Verschmelzungen zahlreicher Spar- und Darlehnskassen, welche teilweise bereits Ende des 19. Jahrhunderts gegründet wurden. 

Die älteste dieser Banken war die am 14.04.1897 gegründete Spar- und Darlehnskasse eGmuH Berne (eingetragene Genossenschaft mit unbeschränkter Haftpflicht). Es gab 15 Gründungsmitglieder. Des Weiteren gab es die am 04.12.1898 gegründete Spar- und Darlehnskasse Großenmeer eG (24 Gründungsmitglieder), die Spar- und Darlehnskasse eGmuH Bardenfleth (Gründung am 26.10.1899 durch 31 Personen) und die am 20.09.1899 gegründete Spar- und Darlehnskasse eGmuH Altenhuntorf mit 29 Gründungsmitgliedern. Diese drei Banken verschmolzen am 08.09.1972 zur Raiffeisenbank Moorriem eG. 

Im mittleren Teil der Wesermarsch befand sich die Spar- und Darlehnskasse eGmuH Strückhausen, welche am 09.09.1899 durch 19 Personen gegründet wurde, sowie die Spar und Darlehnskasse Oldenbrok (am 05.04.1902 gegründet) und eine Kleinbank in Neustadt, wobei ihre Entstehungszeit nicht genau bestimmt werden konnte. Hier gab es 1980 eine Verschmelzung und Umfirmung in die Raiffeisenbank Strückhausen-Neustadt-Oldenbrok eG. 

Im mittleren Westen der Wesermarsch gab es Anfang des 20. Jahrhunderts noch die Spar- und Darlehnskasse eGmuH Hammelwarden ( 20.01.1900, 20 Gründungsmitglieder), die Spar- und Darlehnskasse eGmuH Golzwarden, welche am 27.01.1906 gegründet wurde. Dazugehörig gab es eine Bankstelle in Ovelgönne mit der Eröffnung am 01.05.1971, welche aber, nach der Verschmelzung im Jahr 1977, zur Raiffeisenbank Brake eG, im Juni 1988 wieder geschlossen wurde. 

Die, bis ins Jahr 1991 bestehende, Spar- und Darlehnskasse eGmuH Berne fusionierte nun mit der Raiffeisenbank Moorriem eG zur Raiffeisenbank Berne-Moorriem eG. Eine Verschmelzung und Umfirmung in die Raiffeisenbank Brake-Oldenbrok eG war 1994 durch die Raiffeisenbank Strückhausen-Neustadt-Oldenbrok eG und die Raiffeisenbank Brake eG gegeben. 

Die heutige Raiffeisenbank Wesermarsch-Süd eG entstand dann schließlich 2001 durch eine Fusion der der Raiffeisenbank Berne-Moorriem eG und die Raiffeisenbank Brake-Oldenbrok eG. Zwischendurch wurden noch die SB-Stellen in Berne beim Zentrum alte Molkerei im März 1996 und in Elsfleth im Juli 1999 eröffnet, sowie die SB-Stelle im Braker Famila-Markt im Dezember 2009.